La Facultad de Ciencias de la PUJ, creada el 15 de septiembre de 1971, tuvo su origen en la División de Ciencias Básicas, conformada en 1966, por los Departamentos de Biología, Física, Matemáticas y Química. Más adelante en 1972 y 1974 se integraron a la Facultad los departamentos de Nutrición y Bioquímica y Microbiología, respectivamente. Actualmente, la Facultad promueve la transferencia y generación de conocimiento en ciencias biológicas, biomédicas, exactas y naturales. Para lograr su objetivo, la Facultad ofrece siete programas académicos de pregrado, tres especializaciones, cinco maestrías y dos doctorados, apoyados en grupos de investigación enmarcados en sus seis Departamentos.

Doctorada en Ciencias Biológicas y Magister en Microbiología con énfasis en Inmunología de la Pontificia Universidad Javeriana, con estudios de pregrado en Bacteriología de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca.
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El Medio Universitario de la Facultad de Ciencias ofrece los recursos para facilitar la Formación de la Comunidad Educativa, como personas integrales, que conocen y hacen realidad los Objetivos, la Visión, la Misión y el Proyecto Educativo de la Universidad Javeriana. Favorece la construcción de la Comunidad, procurando el encuentro entre las personas alrededor de propósitos comunes y propende por el Bienestar de todos los miembros de la Facultad.

Las actividades del Medio son las que tienden a asegurar que todos los procesos en la Universidad estén acordes con los principios educativos de la Compañía de Jesús, así como a propiciar la conformación y desarrollo de la Comunidad Educativa, y a promover dentro de las posibilidades, el bienestar integral de cada una de las personas que la componen.