Líneas de investigación en las que se enmarca su investigación:

Soberanía y Seguridad Alimentaria y Nutricional, cuyo objetivo es el estudio de las prácticas alimentarias de comunidades étnicas y campesinas que contribuyen al fortalecimiento de la soberanía y seguridad alimentaria y nutricional. Desde el año 2017 se ha venido trabajando con la comunidad campesina de la vereda La Requilina, Localidad de Usme, Bogotá para la evaluación de situación alimentaria y nutricional a partir de la caracterización de los componentes de la seguridad alimentaria y nutricional.

Gastronomía Nutricional, cuyo objetivo es diseñar propuestas gastronómicas (preparaciones de alimentos y menús) innovadoras en relación a la inclusión de alimentos nativos colombianos marginados u olvidados y el uso de su potencial nutricional para promover una mayor disponibilidad y utilización de nutrientes en la población colombiana. Desde el año 2015 se viene trabajando con la comunidad campesina de Ventaquemada, Boyacá donde se ha incentivado la diversificación del uso alimentario del cubio, la ibia y la ruba. Un segundo logro es la investigación en la Plaza de Mercado de Paloquemao, sobre el rescate de cinco frutas colombianas ofertadas en dicho lugar. Estas frutas son fuente de Provitamina  A y a través del desarrollo e implantación de un modelo matemático, se ha promovido la conservación de este nutriente luego de que las frutas se han sometido a diferentes tipos de cocciones.

Calidad Alimentaria, cuyo objetivo es evaluar la calidad fisicoquímica, sensorial, microbiológica, higiénico sanitaria y nutricional de los alimentos nativos colombianos teniendo en cuenta la perspectiva cualitativa como cuantitativa. Desde el año 2016 se viene trabajando con la comunidad campesina de Ventaquemada, Boyacá donde se ha caracterizado las propiedades físicas y químicas del cubio, la ibia y la ruba; haciendo énfasis en el contenido de antioxidantes. Así mismo, en el laboratorio de Química de Alimentos de la PUJ se han caracterizado alimentos nativos endémicos como el Nawa, fruta proveniente de la Sierra Nevada de Santa Marta. En la actualidad, se está desarrollando una Investigación en la Plaza de Mercado de Paloquemao, sobre la construcción social del concepto de calidad de los alimentos en el marco de la Soberanía Alimentaria y otra Investigación sobre el contenido nutricional de los lácteos consumidos en la ciudad de Bogotá.

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El objetivo del Semillero de Iinvestigación en Ciencias del Laboratorio Clínico, es promover en estudiantes de pregrado, e inscritos en programas académicos del área de la salud, el desarrollo de competencias investigativas en Ciencias del Laboratorio Clínico que permitan iniciar el desarrollo de dicho pensamiento crítico que exige la sociedad actual.

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El Semillero de Enfermedades Infecciosas se creó en el año 2014, la división que presentamos a continuación es de proteómica y micosis humanas. Sin embargo, existe la posibilidad de trabajar en bacterias, virus y parásitos.

En la Línea de Proteómica y Micosis Humanas, tenemos como objetivo incentivar a los estudiantes a investigar en áreas de interés asociadas a la micología clínica y fortalecer destrezas y habilidades en el laboratorio, así como de presentación oral y escrita de trabajos científicos. Cada estudiante adquiere compromiso y responsabilidad, de esta manera se integran a diferentes trabajos asignados, teniendo como temas principales tres Géneros de Hongos: Candida, Aspergillus y Cryptococcus. Se realizan actividades de integración y socialización de los trabajos, realizando un apoyo y profundización en cada uno de los modelos de investigación. Los trabajos incluyen temáticas como: la búsqueda de dianas antifúngicas, de péptidos antimicrobianos, estudios a nivel de Biologia celular y molecular, así como estudios proteómicos de estos hongos, en relación a la resistencia antifúngica.

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El Grupo de Biotecnología Ambiental e Industrial GBAI cuenta con la línea de investigación en Indicadores de Calidad de Agua y Lodos, la cual inició actividades hace 16 años. Desde hace 10 años la línea cuenta con un seminario que se programa una vez a la semana cada 15 días con duración de 2 horas, en cada uno de los semestres académicos. En este seminario se presentan y discuten los proyectos de investigación en desarrollo ya sea que estén a cargo de estudiantes o auxiliares de investigación con participación de todos los asistentes. Al menos una vez al semestre se invita un investigador de otro grupo de la Universidad privilegiando aquellos que realizan proyectos de tipo interdisciplinario con el grupo.

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El semillero fue creado en el año 2016 por inquietud de estudiantes interesados en profundizar en las áreas de investigación de la Inocuidad de alimentos. Teniendo en cuenta la necesidad de formar estudiantes y su motivación hacia la solución de problemas de la industria de alimentos para el país, surgió la necesidad de formalizar el semillero en el año 2017 (Acta Número 13 del 19 de Mayo).  Con la creación formal de este se pretende fortalecer la línea de investigación patógenos emergentes de la industria de alimentos del grupo Biotecnología Industrial y Ambiental GBAI al cual está adscrito. Se creó la propuesta del grupo la cual fue aprobada en el Consejo de Facultad. 
Se pretende además de fortalecer la investigación en inocuidad de alimentos, crear espacios de discusión permanente y participación en eventos científicos que les permita mostrar sus resultados, así como interactuar con pares e igualmente, crear lazos y redes en Microbiología e Inocuidad de alimentos.
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El semillero de investigación del Instituto de Errores Innatos del Metabolismo (IEIM), se fundó con el objetivo de formar estudiantes de pregrado en fundamentos en errores innatos del metabolismo (EIM) y competencias para el desarrollo de técnicas de laboratorio, que les permitan abordar y comprender estas patologías, así como el desarrollo de nuevas terapias.
Este grupo trabaja con diferentes líneas de investigación como la construcción de vectores para terapia génica, la expresión de proteínas recombinantes como modelos para terapia de reemplazo enzimático, la detección y expresión de mutaciones, y el diagnóstico y seguimiento de los EIM. Para abordar cada línea de investigación se aplican y adquieren técnicas que son afines con los objetivos de cada proyecto a desarrollar, ya sea en la parte de diagnóstico o de investigación haciendo énfasis en conocimiento en biología molecular y sus áreas complementarias.
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El Semillero de Investigación en Ecología de la Vegetación de Alta Montaña, consolidado en el primer semestre de 2015 y en colaboración con el equipo humano del Herbario de la Pontificia Universidad Javeriana (HPUJ), surge con el interés de generar un espacio propicio para el adquirir conocimientos y herramientas prácticas en el estudio de la vegetación en unos de los ecosistemas más amenazados y con mayor importancia en nuestro país: los bosques alto andinos y los páramos.
Específicamente, las líneas de investigación que aborda el semillero son: Flora de alta montaña; Ecología funcional de la vegetación de alta montaña; Problemáticas de conservación. Actualmente, el grupo está compuesto por estudiantes de biología y ecología de múltiples semestres, estudiantes de posgrado y profesionales.
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El semillero se forma en 2015. Y su objetivo es ofrecer un espacio de intercambio de conocimiento y de experiencias que contribuyan a que los estudiantes de pregrado en biología, Licenciatura en biología y ecología, desarrollen competencias de investigación en el campo de la Ecología Funcional y aplicada. Los estudiantes se vinculan a los proyectos de investigación de los estudiantes de pregrado, maestría y doctorado en curso, para apoyar sus actividades de campo y laboratorio. El trabajo asociado a este apoyo permite que los miembros del semillero se capaciten en las diferentes técnicas de campo y laboratorio que le serán útiles en la vida profesional. Realizamos seminarios semanales donde los estudiantes intercambian sus experiencias de trabajo en los diferentes niveles de aprendizaje en que están.
En el semillero se trabaja en desarrollo de modelos ecológicos que describan del papel de los mamíferos en procesos ecosistémicos, y su cambio por efecto de la intervención antrópica. Análisis de los patrones de distribución local de mamíferos.
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El Semillero de Investigación en Ecofisiología de Semillas y Plántulas, nace en febrero del año 2015 con el propósito de abrir un espacio idóneo para la adquisición de los conocimientos y las destrezas que se requieren para llevar a cabo proyectos e investigaciones relacionados con las semillas y las plántulas en nuestro país. Al ser las semillas y las plántulas elementos transversales a múltiples disciplinas y áreas del conocimiento, nuestro semillero es un escenario donde convergen diferentes temas: morfología y anatomía de semillas; ecofisiología de la germinación y el establecimiento de plántulas; propagación de especies, ecología de la dispersión; rol de las semillas y las plántulas en la regeneración natural de los ecosistemas, entre otros.
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El semillero se formalizó en el año 2015 y su propósito es ofrecer un espacio de intercambio de conocimiento y de experiencias que contribuyan a que los estudiantes de biología, ecología o áreas afines desarrollen las competencias básicas necesarias para la investigación en el uso y la conservación de la flora.
Entre las actividades que se realizan en el semillero están la revisión y discusión de literatura relevante, la invitación de investigadores de la Universidad o de instituciones externas, la realización de salidas de campo y la participación en eventos académicos. Como parte del semillero se han realizado 14 trabajos de grado, se ha vinculado un joven investigador, se ha participado en tres Congresos, se han realizado diversas prácticas en el Herbario HPUJ y se organizó un simposio en el Congreso Colombiano de Botánica.
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El semillero de Biología Marina lleva activo 3 años, su formación empezó a partir de los grupos de investigación de tiburones y tortugas marinas y esto se dio por la necesidad de unificar esfuerzos para el trabajo en Isla Fuerte, Caribe Colombiano.
Parte importante del trabajo ha estado enfocado en la comunidad que allí reside en donde a partir de diferentes actividades como la conservación de los recursos y la restauración de los ecosistemas se busca generar conciencia y aprendizaje junto con la comunidad.
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El semillero ConGÉNeres busca ser un espacio en el que los estudiantes de Biología, Ecología y afines aprendan a investigar - investigando de la mano de los docentes, de los quehaceres propios de un grupo de investigación, apoyando y/o realizando proyectos relacionados con la Genética de poblaciones, Genética molecular, Biología evolutiva enmarcados en la conservación de la biodiversidad. Dentro de los objetivos específicos tenemos el formar a los estudiantes en los procedimientos básicos y fundamentales de la Genética molecular para la obtención de información a partir de la extracción de ADN de tejidos de diferentes organismos de estudio.
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El semillero de investigación en Agricultura Biológica es un espacio académico en donde estudiantes, jóvenes investigadores y profesionales de Biología, Microbiología, Química, Ingeniería Biotecnológica, Agronomía, Ingeniería Forestal y otras áreas relacionadas con las Ciencias Biológicas, intercambian conocimiento y experiencias de investigación. Los temas en los que trabaja el Semillero son: microorganismos promotores de crecimiento vegetal asociados con diferentes especies, conservación in vitro de recursos biológicos vegetales y microbianos y estudio del impacto del manejo del suelo sobre la calidad del mismo. Fue creado en el año 2006 y reconocido como grupo en el año 2015. Nos acompañan como asesores profesores de la Universidad Nacional de Colombia, de la Universidad Federal de Viçosa y profesionales independientes que han trabajado en nuestro grupo de investigación.
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El objetivo del seminario es ofrecer un espacio de intercambio de conocimiento y de experiencias que contribuyan a que los estudiantes desarrollen las competencias necesarias para entender y estudiar los ecosistemas de agua dulce de Colombia.
Los temas de trabajo están centrados en la ecología y taxonomía de algas de agua dulce, el impacto del cambio climático en los ecosistemas acuáticos de Colombia y la modelación ecológica de estos ambientes.
La metodología de trabajo consiste en la realización de reuniones en las cuales se discuten temas relacionados con el funcionamiento de los ecosistemas acuáticos, la participación en el seminario de Ecología acuática (que se desarrolla en conjunto con el Semillero de Ictiología), la participación en la organización de las colecciones limnológicas y la asistencia a actividades de integración.
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El semillero de investigación en Manejo y Conservación de Fauna Silvestre surgió como iniciativa de los estudiantes de biología para estudiar, analizar y proponer nuevas ideas sobre la problemática actual que se desarrolla en el país a nivel de la biodiversidad y la relación con la sociedad.
El grupo se desarrolla en conjunto con el Laboratorio de Manejo y Conservación de Ecosistemas Tropicales de la Unidad de Ecología y Sistemática (UNESIS), del Departamento de Biología de la Pontificia Universidad Javeriana. Actualmente el grupo está compuesto por estudiantes de biología y ecología de pregrado y posgrado, que van desde cuarto en adelante.
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El S.I.R.E. nace del interés de un grupo de estudiantes de las carreras de Ecología y Biología, de la Universidad Javeriana, en febrero de 2016 por la motivación causada desde los espacios de aprendizaje en las clases de restauración de ecosistemas y en los seminarios de la Escuela de Restauración Ecológica, conjuntamente con la guía y apoyo del profesor José Ignacio Barrera. A partir de estos estímulos se decide crear un espacio propio para la formación de investigadores por medio del aprendizaje, la reflexión, la discusión y la práctica de la ecología de la restauración y la restauración ecológica contando con la asesoría de profesionales de diferentes disciplinas. El objetivo del semillero es la apropiación del conocimiento para formular y desarrollar proyectos que generen estrategias de restauración ecológica para minimizar los impactos ocasionados por actividades humanas.
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El semillero de investigación nace en el año 1999, con el propósito de realizar profundización en las investigaciones de las líneas mencionadas, así mismo es propósito de construcción del conocimiento que ayude a entender las interacciones hombre-biota (plantas y artrópodos)-microbiota-suelo y su relación con la transformación antrópica, contaminación ambiental y el cambio climático, para contribuir a entender, explicar y proponer alternativas de solución a sus efectos en el equilibrio global.
El semillero de investigación está dividido en cuatro lindes: Análisis funcional de ecología de los suelos y sustratos, Relaciones ambientales efectos y descontaminación del medio ambiente, Control biológico de plagas y enfermedades con microorganismos biología molecular y bioensayos y Fauna del suelo-ácaros patrones y aplicaciones en agricultura.
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El semillero de investigación en Entomología "Élitros" inició como un grupo estudiantil dentro de la Universidad. Este fue formado el 16 de Mayo de 1999 por iniciativa de los estudiantes vinculados al Laboratorio de Entomología, con el apoyo del coordinador y curador de la colección de artrópodos de ese entonces, Giovanny Fagua.
El grupo funciona en coordinación con el Laboratorio de Entomología de la Unidad de Ecología y Sistemática (UNESIS), del Departamento de Biología de la Pontifica Universidad Javeriana. Su campo de actividad es la investigación biológica en artrópodos y el mantenimiento de la colección de artrópodos del Museo Javeriano de Historia Natural "Lorenzo Uribe S.J." El grupo está compuesto principalmente por estudiantes de biología y ecología que van desde primero hasta décimo semestre. Las convocatorias para nuevos miembros se realizan una vez por semestre.
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El semillero de control biológico se enfoca especialmente en proyectos y trabajos con especies de nematodos entomopatógenos y sus simbiontes bacterianos para el control de plagas en cultivos de interés económico como maíz, papa, café, etc. En el laboratorio tenemos la cría de algunos insectos plaga como Galleria mellonella, Spodoptera fruguiperda, Tenebrius sp con sus larvas, se hace la producción de nematodos a gran escala; al estar en el semillero de investigación, antes mencionado, junto con los laboratorios de Biología Molecular y Fisiología Vegetal, se realizan además proyectos de biología molecular de nematodos y bacterias simbiontes, etc. Se ha trabajado también con hongos entomopatógenos en asociación con UNIDIA, sobre medios de cultivo para las bacterias y los nematodos, crioconservación, interacciones entre especies y demás.
Los estudiantes que hacemos parte del laboratorio pertenecemos a las carreras de Biología y Microbiología y junto con la Profesora Adriana realizamos seminarios cada semana en los cuales pueden presentarse resultados de algún proyecto en el cual el estudiante este trabajando o haga parte, algún artículo o tema de interés relacionados a nuestra línea de investigación así creamos una discusión abierta y compartimos el conocimiento generado.
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En 1992 dentro del Laboratorio de Ictiología del Departamento de Biología de la Facultad de Ciencias de la PUJ, bajo la dirección del profesor Saúl Prada Pedreros, se conforma el Grupo de Investigación en Ictiología en un trabajo mancomunado con los estudiantes. Una de las principales tareas desde aquel entonces fue la retoma y el mantenimiento de la Colección de Peces del Museo Javeriano de Historia Natural, Lorenzo Uribe, SJ. (MPUJ), con el profesor Saúl como Curador de la Colección. Este grupo posteriormente (2015) recibe el título oficial de Semillero de Investigación en Ictiología.
El objetivo del semillero es ofrecer un espacio para iniciar, ampliar, profundizar o perfeccionar el conocimiento sobre los peces de agua dulce de Colombia y la región Neotropical, que contribuya en el posicionamiento de este grupo de organismos a nivel nacional y contribuya en la generación de estrategias para su manejo y conservación, al igual que de los ecosistemas dulceacuícolas donde habitan.
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El semillero de investigación en Fisiología Vegetal se crea a inicios del segundo semestre de 2017, como una iniciativa de estudiantes interesados y motivados en indagar, aprender y tener un mayor acercamiento y conocimiento en temas y actividades de investigación que realiza el grupo de Biología de plantas y sistemas productivos en la línea de investigación de Fisiología y bioquímica de semillas. Entre las actividades en las que se propone integrar a los estudiantes del semillero se incluyen: - Aplicar técnicas de propagación de plantas, realizar experimentos en fisiología de semillas, llevar a cabo ensayos en los que se evalúen el efecto de factores abióticos sobre parámetros fisiológicos de crecimiento y desarrollo en plantas de interés ecológico y agronómico. En este semillero los estudiantes pueden aprender a manejar equipos de última generación utilizados en fisiología vegetal como el medidor de fotosíntesis LI- 6400XT, la cámara de Schölander y el fluorómetro entre otros, utilizados para registrar parámetros fisiológicos descritos actualmente en artículos de investigación del área de la fisiología vegetal a nivel mundial.
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Este Semillero ofrece un espacio de intercambio de conocimiento y de experiencias teórica-prácticas que contribuyen a que los estudiantes de pregrado y posgrado de diferentes disciplinas (ej. biología, ecología, microbiología, física y química) 1. se sensibilicen frente a la problemática que enfrenta el Caribe, el Pacifico colombiano y el Pacífico Este Tropical, bajo escenarios de cambio climático y desarrollo costero (minería) y 2. propongan solución a las problemáticas en el ámbito marino.
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El objetivo del semillero de investigación en Biofísica y Fisiología de Canales iónicos es fomentar en los estudiantes vinculados, el interés por la investigación en el área. Se pretende familiarizar a los estudiantes con técnicas experimentales de uso común en el campo de la biología celular, molecular y electrofisiología, aplicadas al estudio de los canales iónicos.
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Dado que la Biología Computacional se ha constituido en una herramienta fundamental para cualquier área de investigación en biología y principalmente es un eje de análisis en biología molecular básica y aplicada, el semillero de investigación busca estar a la vanguardia de las nuevas aproximaciones en el área para poder realizar investigación de alto impacto en la comunidad científica y con responsabilidad social en Colombia.
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El Semillero promueve los siguientes objetivos:
Enseñar a los estudiantes técnicas experimentales básicas en el campo de la biología celular y molecular, útiles en el abordaje de problemas bioquímicos.
Enseñar a los estudiantes a leer de manera crítica y argumentativa artículos de investigación, y a identificar en ellos las perspectivas de los resultados que pueden conducir a nuevas propuestas.
Enseñar a los estudiantes la metodología general en el planteamiento de propuestas de investigación.
Estimular en los estudiantes la cultura de presentación de seminarios y el desarrollo de competencias comunicativas asertivas
Fomentar el trabajo interdisciplinario, promoviendo la interacción entre estudiantes de pregrado y posgrado, y en general con todos los estudiantes pertenecientes al Grupo de Investigación de Bioquímica Experimental y Computacional.
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El semillero nace con el objetivo de atraer estudiantes de Microbiología Industrial, Bacteriología, Biología, Nutrición y Dietética de la facultad de Ciencias o áreas afines,  que deseen iniciar su formación en investigación en el área de productos naturales, bajo diferentes enfoques.

El semillero pretende así fomentar las habilidades de indagación, problematización, observación, registro y comparación; el desarrollo de la capacidad crítica, analítica y argumentativa; relacionados con la investigación química de los recursos naturales.

De este modo, se pretende familiarizar a los estudiantes con técnicas experimentales de uso común y transversal en la química de productos naturales, tales como: aprender las técnicas básicas para la extracción, separación y purificación de metabolitos secundarios;  usar técnicas analíticas para la predicción de grupos de compuestos orgánicos presentes en productos naturales; aprender a hacer montajes clásicos para la síntesis vía radicales libres; analizar la bioactividad de extractos naturales mediante técnicas ya estandarizadas.

El semillero de investigación está compuesto por las siguientes líneas de investigación:

•    Análisis fitoquímica

•    Calidad de fitoterapéuticos

•    Evaluación de actividad biológica de extractos naturales

•    Química ambiental

•    Semi-síntesis orgánica a partir de moléculas naturales

•    Química de macromoléculas

•    Físico-química de materiales

•    Química computacional  

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Centra su interés en pretratamientos físicos y/o químicos de polímeros plásticos y otros residuos sólidos contaminantes, y en la búsqueda de microorganismos potencialmente biodegradadores de estos materiales.

• Tendrá trabajo de campo (recolección de residuos sólidos contaminantes y aislamientos de microorganismos potenciales) y de laboratorio (procesamiento de muestras, pretratamientos físicos y/o químicos y tratamientos biológicos) y se espera contribuir en la búsqueda de estrategias fisicoquímicas, amigables con el ambiente, que favorezcan la biodegradación de estos materiales.

• De igual forma se pretende que sus miembros integren conocimientos en biología, microbiología, química, física y estadística, para el análisis y discusión de los resultados obtenidos en los experimentos que se lleven a cabo, así como la adquisición de habilidades y destrezas en el manejo de instrumentos y equipos empleados para tal fin.

Contacto: Luis David Gómez Méndez. Ph.D. luis.gomez@javeriana.edu.co